反滲透裝置運行一段時間后，水中的污染物會結垢，對RO膜系統產生影響。結垢會導致膜阻塞、膜通量減小、脫鹽效率下降和滲透壓增大。如果不及時進行水垢清洗處理，膜表面的鹽水會形成濃差極化，導致鹽份析出晶體。當膜的表面溶液濃度不斷增高，水流達到一定平衡度時，會出現晶核并開始成長，最終形成面或螺旋狀態。一旦溫度合適且溶蝕物質不多時，晶核會成長變成晶體，沉積在膜元件表面形成緊固的水垢。大面積的膜結垢會導致RO裝置癱瘓，同時晶體尖銳的棱角在積累長大過程中很容易造成膜表面的劃傷，縮短膜的使用壽命。因此，必須在水垢產生初期進行RO反滲透膜系統的水垢清洗工作。不同垢質所使用的反滲透膜清洗劑及其用法也不同。

此外，微生物會在反滲透膜元件表面形成生物粘泥、藻類和真菌等，嚴重時造成膜阻塞。同時，細菌會對醋纖維素膜造成侵蝕。為了解決生物污染，需要使用專門的GJ-反滲透膜殺菌滅藻劑。清洗時按保有水量投加500-1000mg/L，浸泡24小時以上，能夠殺滅細菌并使這些生物污染分散剝離。

接下來，需要清除RO反滲透膜和超濾膜的水垢硬垢。這些硬垢是由于未采取足夠措施或者采取的措施不當而造成的沉淀物的沉積，多為碳酸垢、硫酸垢及硅垢等。這些水垢比較堅硬，極難去除，需要使用專門的GJ反滲透膜水垢清洗劑進行化學清洗。在使用時加入總水容量的15-20%，測PH值為2-3為易，循環清洗或浸泡清洗6-12小時，期間應監測PH值，使PH值穩定在2-3范圍內，待硬垢完全分解后，即可用清水清洗，完成硬垢清洗。

不要以為硬垢清洗完成，RO反滲透膜清洗步驟就算完成了。此時反滲透膜系統還存在著一種膠體沉積垢，它是由金屬氧化物和其它各種膠體造成的。只有把這種無機膠體垢清除了，才算是完成了反滲透膜水垢清洗的全過程，才算是徹底清洗干凈了，才能還原膜性能的初始狀態。所以需要使用GJ-反滲透膜無機膠體清洗劑來清除這種膠體垢的污染。

完成以上步驟后，反滲透膜系統水垢已基本清除。為了延緩或抑制水垢的生成并延長膜的使用壽命，需要進行反滲透膜系統水處理，日常投加專用的水處理藥劑。